市畜牧局共设以下八个内设机构：

（一）办公室。负责机关日常运转工作，承担机关安全、机要、保密、信访、政务公开、信息宣传、机关财务、后勤保障等工作；指导全市畜牧业信息化建设；参与提出扶持畜牧业发展的财税、金融保险、进出口有关政策意见；指导机关及所属事业单位财务管理、国有资产管理、政府采购和招投标管理工作；组织开展内部审计和行业审计；监督管理全市畜牧业投资项目经费及专项事业经费；承担畜牧业投资和项目的组织实施与监督；承担畜牧业外资项目管理工作；编报预算并组织执行。

（二） 人事教育科（党建工作科）。承担机关和所属事业单位干部人事、机构编制、劳动工资、养老保险和教育培训等工作；负责机关及本系统全面从严治党、加强党的建设日常工作；负责意识形态领域和统战工作；负责机关离退休干部工作，指导所属事业单位离退休干部工作。

（三） 畜牧产业发展科（市双汇产业化指挥部办公室）。指导全市畜牧业结构调整、规模化养殖、标准化生产、产业化发展；负责畜牧业发展有关规划实施工作及种养业协调发展；指导畜禽粪污资源化利用；组织开展畜禽新品种培育和推广工作；负责种畜禽生产经营监督管理工作；负责畜牧业生产监测、预警和行业统计工作；拟订全市奶业发展规划并组织实施；指导奶源基地建设、奶牛遗传改良、奶畜规模化标准化生产、生鲜乳收购站规范化建设；监督管理生鲜乳生产收购运输环节质量安全；组织制定全市畜牧业科技教育培训和技术推广规划；负责双汇产业化工程建设项目的组织实施。

（四） 动物防疫检疫与兽医医政药政科。拟订动物防疫、检疫有关地方性法规、规章和技术规范并组织落实；组织制定并实施全市动物疫病防治规划、动物防疫检疫基础设施建设规划；组织实施动物防疫检疫管理工作；承担动物疫病区域化管理和指导病死畜禽无害化处理工作；归口管理兽医行政执法和技术支持机构；承担官方兽医、执业兽医的管理工作；拟订并组织实施全市兽药发展规划；负责兽药生产企业、经营企业和兽药使用环节的监督管理；拟订兽药质量监测检验体系建设规划；承担动物病原微生物实验室安全管理工作。

（五） 畜产品质量安全管理科（行政审批服务科）。拟订全市畜产品质量安全管理规定和办法并组织落实；综合协调从畜禽养殖环节及食用畜禽产品进入批发、零售市场或生产加工企业前的质量安全监督管理；拟订并组织实施畜产品质量监测检验体系建设规划；组织实施全市畜牧、兽医、饲料行业的标准化工作；制定并组织实施畜产品质量监测检验、风险监测计划；组织畜产品质量安全状况评估，会同有关部门发布畜产品质量安全信息；负责无公害畜产品产地认定和产品认证的审核申报工作；组织协调畜牧业生产资料市场的整治规范工作；承担畜牧业执法监督工作；指导全市畜牧系统依法行政和法制宣传教育工作；承担机关有关规范性文件合法性审核工作；负责局机关行政复议和行政诉讼工作；承办局机关行政审批服务事项。

（六） 饲料科（市饲料工业办公室）。制定全市饲料工业发展意见、规划、计划并组织实施；监督执行饲料产品质量标准和行业技术规范；负责饲料行业质量的监督管理；负责饲草饲料资源的保护和开发利用；组织实施饲料行业新技术、新产品的推广应用；负责饲料生产环节中添加违禁物质监管工作；负责制定饲料产品和牧草种子检测抽检计划；指导饲料企业执行饲料质量安全管理规范；承担饲料工业统计工作；负责饲料工作的对外联络、协调等工作。

（七） 市畜禽屠宰管理办公室。负责拟订畜禽屠宰地方法规、规章草案和行业发展规划，并组织实施；负责指导畜禽屠宰行业统计工作；负责组织开展畜禽屠宰环节质量安全监督管理工作，组织开展监督检查、技术鉴定等活动。

（八） 应急管理办公室（市政府重大动物疫情应急指挥部办公室）。拟订并组织实施突发重大动物疫情应急管理地方性法规、规章；制定重大动物疫情应急体系建设规划和应急管理预案、应急处置技术规范和操作规程；承担突发重大应急事件处置；协调组织有关方面研究提出应急管理的政策、规划和建议；负责安全生产综合监督管理；负责重大动物疫情应急信息化指挥系统建设和市级重大疫情应急指挥平台运行和管理工作；开展应急管理信息收集和调查研究工作；负责市级重大动物疫情应急物资储备库建设和应急储备资金、应急物资管理及调度工作；负责组织开展重大动物疫病防控日常应急培训和应急处置演练工作；负责重大动物疫情应急预备队伍和技术专家组建设管理；承担市政府重大动物疫情应急指挥部办公室日常工作。