(一)办公室(党建工作科)。负责机关日常运行工作。承办文电、会务、机要、档案、信息、安全、保密、信访督办查办、政务公开、电子政务以及宣传、新闻发布等工作;拟订全市水利法治建设规划并组织实施,起草有关地方性法规和规章草案并监督实施;承担有关规范性文件合法性审查和清理工作;承担机关后勤管理工作;负责文明城市创建和水利行业精神文明建设工作;负责机关及本系统全面从严治党、加强党的建设日常工作。

(二)规划计划与农村水利科。指导和组织编制、审查、申报我市水利综合规划、专业规划、专项规划,拟订全市和跨县区水中长期供求规划;按规定权限,指导和组织编制、审查、申报水利基本建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计,负责审批水利基本建设项目初步设计文件;拟订全市水利固定资产投资计划;组织实施水工程建设项目合规性审查工作;指导协调实施水资源、水生态、水环境、水灾害统筹治理;承担全市水利统计工作;承担水利体制改革的有关工作;指导县区开展中型灌区工程建设、改造与管理;指导农村饮水安全工程建设与管理工作,指导节水灌溉有关工作;指导农村水利改革创新和社会化服务体系建设;指导农村水能资源开发工作;指导灌区(渠灌)水质监测工作;指导水利扶贫工作;组织重大水利科学研究、技术引进和科技推广工作;组织水利系统对外交流合作。

(三)水政水资源管理科(行政审批服务科)。承担最严格水资源管理制度相关工作,负责最严格水资源管理制度考核;组织实施取水许可、水资源论证、用水总量控制等制度;负责水资源有偿使用工作,贯彻落实水权制度;指导水量分配并监督实施,组织指导河湖生态流量水量管理、河湖水生态保护与修复、河湖生态水系连通工作;组织编制水资原保护规划;指导饮用水源保护工作;指导水资源监控能力建设和水资源承载能力监测预警机制建设;组织编发水资源年报、水资源公报;指导节约用水工作，拟定节约用水政策和制度,组织编制节约用水保护规划并协调实施;指导和推动节水型社会建设工作;组织实施用水效率控制、计划用水和定额管理制度,承担节水考核有关工作;指导城市污水处理回用等非常规水资源开发利用工作;组织编制水土保持规划并监督实施,承担水土流失综合防治工作,组织水土流失监测、预报并公告,负责生产建设项目水土保持方案审核并监督实施,负责市级水土保持补偿费征收管理工作;指导水利依法行政工作并监督实施;指导全市水政监察、水行政执法和涉水违法事件查处工作;负责承担局机关行政审批服务事项,水利系统“放管服”改革工作;承担水事纠纷协调工作,指导普法教育工作;承担机关行政复议、行政应诉工作。

(四)财务与人事科。负责部门预决算的编制和预算执行工作;承担机关并指导所属事业单位的财务和资产管理工作;组织提出市级水利财政资金的安排建议,并协调项目实施的监督管理和绩效评价;提出有关水利价格、税费、信贷的建议;负责移民工作的财务、资金管理和监督;负责内部审计工作;负责局机关和所属事业单位的干部人事、机构编制和劳动工资等工作,指导全市水利行业职工队伍建设;负责机关及所属事业单位的群团工作;负责局机关离退休人员服务管理工作,指导所属事业单位的离退休人员管理工作。

(五)建设管理与安全监督科。指导全市水利工程建设,贯彻落实水利工程建设有关法律法规、规章、制度和技术标准,制定全市水利工程建设重大事故应急预案并监督实施;指导水利工程建设质量、安全、进度管理工作;负责水利工程质量督导、检查、考核工作;组织实施水利工程建设安全生产监督管理工作;组织协调重点水利工程的建设和验收;组织指导监督全市水利工程招标投标,建设监理,质量监督、造价管理工作;指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设;负责水域及岸线、水利设施的管理、保护和综合利用;指导河湖及滩地的开发,治理和保护;组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度;指导堤防、水闸等水利工程的运行管理与确权划界;组织开展堤防、水闸安全监测、鉴定及注册登记工作;督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况,组织实施水利工程质量和安全监督;指导水利行业安全生产工作,指导、监督水利行业从业人员的安全生产教育培训考核工作,负责水利行业安全生产统计分析,依法参加有关事故的调查处理,按照职责分工对事故发生单位落实防范和整改措施的情况进行监督检查。

(六)河长制工作科。负责全面推行河长制工作,拟订有关工作计划、政策、制度;负责落实河长制工作任务的组织协调、督导、检查、考核等;协调解决河湖管理保护重大问题和重点事项;指导河道采砂规划审批和计划编制,监督管理全市河道采砂工作;协助市级河长落实河长职责;承担市河长制办公室日常工作。

(七)水早灾害防御科(南水北调配套工程与移民管理科)。组织编制洪水干旱灾害防治规划,组织编制重要河流和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施;承担水情旱情预警工作,负责全市蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作,组织协调指导蓄滞洪区安全建设、管理运用补偿工作;指导全市水旱灾害防御队伍建设与管理;协调落实南水北调工程有关重大政策和措施;组织我市南水北调配套工程竣工财务决算、审计和工程验收有关工作,并对我市南水北调配套工程及后续工程征迁安置和征迁验收工作进行监督、指导;负责我市南水北调配套工程运行管理和后续工程建设的行政监督;编制我市南水北调综合利用规划、年度水量调度计划并组织实施;负责我市南水北调配套工程水量调度、运行管理工作,并对南水北调配套工程供用水和设施保护工作进行监督、指导;负责我市南水北调配套工程水费征缴工作,配合拟订我市南水北调水费和水价政策;负责全市大中型水库移民后期扶持政策落实;指导全市大中型水库移民后期扶持规划和移民安置区基础设施建设、经济发展规划编制并指导组织实施;负责大中型水库移民后期扶持政策实施情况的监测评估;负责水利水电工程移民安置稽查、监督讦估和移民后期扶持政策实施稽查管理工作;负责全市南水北调丹江口库区移民安置、水库移民后期扶持相关资金的使用管理;负责全市大中型水库移民遗留问题处理工作。